ヘッダーとフッターの背景色を別々に設定をしたい

カスタマイザーでは、ヘッダーで使いたい色を選んで頂き、
以下のCSSを追加することで、フッター色を指定すると良いかと思います。

.footer #footer-menu {
    background-color: #色コード;
}