メタディスクリプションについて

構造化データ（http://schema.org）のdescriptionはSEOとは直接的に関係ないので特に心配される必要はありません。
とはいえ、念のため次のテーマアップデートで「構造化データのdescriptionにカスタムフィールドで入力したデスクリプションを表示する」ように修正しようと思います。
すぐに対応したい場合は下記のコードを子テーマのfunctions.phpに貼り付ければ良いかと思います。

  function insert_json_ld() {
    $src_info = wp_get_attachment_image_src(get_post_thumbnail_id(), 'full');
    if ($src_info) {
      $src = $src_info[0];
      $width = $src_info[1];
      $height = $src_info[2];
    } else { // アイキャッチ画像が無い場合はデフォルトの登録画像
      $src = featured_image_src('thumb-520');
      $width = '520';
      $height = '300';
    }
    $page_url = get_the_permalink();
    $headline = esc_attr(get_the_title());
    $date_published = get_the_date(DATE_ISO8601);
    $date_modified = (get_the_date() != get_the_modified_time()) ? get_the_modified_date(DATE_ISO8601) : get_the_date(DATE_ISO8601);
    $author_name = get_the_author_meta('display_name');
    $publisher_name = esc_attr(get_option('publisher_name'));
    $publisher_logo_url = esc_url(get_option('publisher_img'));
    $custom_description = get_post_meta(get_the_ID(), 'sng_meta_description', true);
    $description = $custom_description ? esc_attr($custom_description) : esc_attr(get_the_excerpt());

    $json = <<< EOM
    {
      "@context": "http://schema.org",
      "@type": "Article",
      "mainEntityOfPage":"{$page_url}",
      "headline": "{$headline}",
      "image": {
        "@type": "ImageObject",
        "url": "{$src}",
        "width": {$width},
        "height": {$height}
      },
      "datePublished": "{$date_published}",
      "dateModified": "{$date_modified}",
      "author": {
        "@type": "Person",
        "name": "{$author_name}"
      },
      "publisher": {
        "@type": "Organization",
        "name": "{$publisher_name}",
        "logo": {
          "@type": "ImageObject",
          "url": "{$publisher_logo_url}"
        }
      },
      "description": "{$description}"
    }
EOM;
    echo '<script type="application/ld+json">' . sng_minify_js($json) . '</script>';
  }

↑ 注意点としてはEOM;の左にはスペース等が入らないようにしてください（行のぴったり先頭に配置されるようにしてください）

よろしくお願いします。