TOC+のスタイルをカスタマイズしたい

そうですね。自動でなってしまいます。
ただし、子テーマのstyle.cssなどにCSSを追加すると変更が可能です。
おそらくCSSの適用優先順位が負けているのだと思います。
例えば、以下のCSSを追加することで、デフォルトに近づきます。

.entry-content #toc_container {
    background: #FFF;/*背景を白に*/
    border: solid 1px silver;/*枠線*/
    box-shadow: none;/*影を消す*/
}
/*円形のアイコンを削除*/
.entry-content #toc_container .toc_title:before {
  content: none;
}
/*目次の文字を修正*/
.entry-content #toc_container .toc_title {
    color: #555;
    padding-left: 0;
    margin: 0;
}

返信ありがとうございます。アイコンと非表示部分に手こずっていましたが無事・タイトルを中央揃え・幅を狭く・背景とボーダーの色変更など上書きできました。お騒がせしました。