ヘッダーロゴを変更して保存しようとすると「何かうまくいかなかったようです。時間を置いてもう一度お試しください」と表示される

WAFをたしかに解除されているとなると、ファイルのどこかに文法エラー等がある可能性がありますね。
（特にfunctions系のファイルで間違いがあるとそのような問題が起こる可能性があります）
子テーマ、プラグインを一度すべて停止してみて、同様の問題が起きるかご確認いただけますか？
直接テーマを編集されている場合には、原因の特定は困難かもしれません。

昨日「ロゴとメイン画像が変更できない」とコメントしたものですが、キャッシュのようでした。
お手数おかけしました。